こんにちは。えたばりゅです。
こちらでは、日本に住む固有種（亜種含む）の魚類にフォーカスしてご紹介しております。
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日本固有種の動物たち【魚類編】
※画像は日本の固有種、スズキ目アカメ科に属するアカメ。
レッドリスト区分については環境省が定める区分に則り掲載しておりますので、IUCN（国際自然保護連合）が定める区分とは相違がある場合があります。
また「【-】（ランク外、未評価）」に分類されている種においても、その多くの種が各地域別では準絶滅危惧以上の懸念があります。
詳しくは環境省が発信している日本のレッドデータ検索システムをご覧ください.
保全状況の区分けカテゴリに関する詳細はこちらでお伝えしております。
IUCN（国際自然保護連合）が定める保全状況の種類を分かりやすくご紹介
尚、種別の生息地につきましては、例外を除き、自然分布の地域を掲載しておりますので、現在生息地ではあるものの、人為的要素が絡む地域などは記載していない場合があります。
日本の固有種【魚類】スズキ目
アカメ科
アカメ（Lates japonicus）
- 体長：約１ｍ（最大約１．３ｍ）
- 英名：Japanese lates
- 生息地：西日本太平洋沿岸地域
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
ハゼ科
ヌエハゼについては調査中
クロヨシノボリ（Rhinogobius brunneus）
- 体長：約７ｃｍ
- 生息地：関東より南の各地域
- 環境省が定める保全状況：【-】
- 体長：約５ｃｍ
- 生息地：中部地方より西側の本州、四国、九州
- 環境省が定める保全状況：【-】
トウカイヨシノボリ（Rhinogobius telma）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：東海地方
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
シマヒレヨシノボリ（Rhinogobius tynoi）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：近畿地方から西側の本州、四国
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
オガサワラヨシノボリ（Rhinogobius ogasawaraensis）
- 体長：約７ｃｍ
- 生息地：東京都小笠原諸島
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ類）
ビワシノボリ（Rhinogobius biwaensis）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：滋賀県琵琶湖
- 環境省が定める保全状況：DD（情報不足）
ヒラヨシノボリ（Rhinogobius sp. DL）
- 体長：約７ｃｍ
- 生息地：鹿児島県大隅諸島、奄美大島、沖縄諸島の一部
- 環境省が定める保全状況：【-】
アヤヨシノボリ（Rhinogobius sp. MO）
- 体長：約５ｃｍ
- 生息地：鹿児島県徳之島、奄美大島、加計呂麻島、沖縄本島、沖縄県久米島
- 環境省が定める保全状況：【-】
アオバラヨシノボリ（Rhinogobius sp. BB）
- 体長：約６ｃｍ
- 生息地：沖縄本島北部
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
キバラヨシノボリ（Rhinogobius sp. YB）
- 体長：約５ｃｍ
- 生息地：鹿児島県、沖縄県の琉球列島
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
ナガノゴリ（Tridentiger kuroiwae）
- 体長：約１０ｃｍ
- 生息地：鹿児島県種子島から沖縄県西表島にかけて、屋久島
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
イサザ（Gymnogobius isaza）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：滋賀県琵琶湖
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
コシノハゼ（Gymnogobius nakamurae）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：秋田県、山形県、新潟県
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
ムサシノジュズカケハゼ（Gymnogobius sp.1）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：那珂川、利根川、荒川、多摩川水系
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
ホクリクジュズカケハゼ（Gymnogobius sp.1）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：富山県
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
クボハゼ（Gymnogobius scrobiculatus）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：西日本
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
チクゼンハゼ（Gymnogobius uchidai）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：日本の汽水、干潟
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ類）
キセルハゼについては調査中
イドミミズハゼ（Lucigobius pallidus）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：新潟県、三重県、兵庫県、和歌山県、高知県、愛媛県、熊本県、山口県、長崎県
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
ドウクツミミズハゼ（Luciogobius albus）
- 体長：約５ｃｍ
- 生息地：島根県、長崎県
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
日本の固有種【魚類】コイ目
コイ科コイ亜科
ゲンゴロウブナ（Carassius cuvieri）
- 体長：約３０ｃｍ（最大６０ｃｍ）
- 英名：Japanese crucian carp
- 生息地：琵琶湖（人為的移入により全国）
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
キンブナ 別名キンタロウブナ、マルブナ（Carassius buergeri）
- 体長：約３０ｃｍ（最大６０ｃｍ）
- 生息地：東北、関東地方
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
ニゴロブナ（Carassius buergeri grandoculis）
- 体長：約３０ｃｍ（最大６０ｃｍ）
- 生息地：琵琶湖（人為的移入により全国）
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
ナガブナ（Carassius buergeri）
- 体長：約３０ｃｍ（最大６０ｃｍ）
- 生息地：北海道、北陸、山陰地方
- 環境省が定める保全状況：DD（情報不足）
コイ科タナゴ亜科
タナゴ 別名マダナゴ（Acheilognathus melanogaster）
- 体長：約８ｃｍ
- 生息地：関東地方より北部の本州太平洋側
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
イチモンジタナゴ（Acheilognathus cyanostigma）
- 体長：約７ｃｍ
- 英名：Striped bitterling
- 生息地：福井県三方五湖、滋賀県、淀川、由良川水系、岐阜県、愛知県（濃尾平野）
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
ゼニタナゴ（Acheilognathus typus）
- 体長：約８ｃｍ
- 生息地：神奈川県、新潟県から秋田県にかけての日本海側
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
イタセンパラ 別名ビワタナゴ（Acheilognathus longipinnis）
- 体長：約８ｃｍ
- 英名：Itasenpara Bitterling、Deepbody Bitterling
- 生息地：淀川水系、富山平野、濃尾平野
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
シロヒレタビラ（Acheilognathus tabira tabira）
- 体長：約１０ｃｍ
- 生息地：濃尾平野、琵琶湖、淀川水系、岡山より西側の山陽地方、徳島県
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
アカヒレタビラ（Acheilognathus tabira erythropterus）
- 体長：約１０ｃｍ
- 生息地：宮城県、栃木県、茨城県、千葉県、埼玉県
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
キタノアカヒレタビラ（Acheilognathus tabira tohokuensis）
- 体長：約１０ｃｍ
- 生息地：秋田県、山形県、新潟県、福島県
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
ミナミアカヒレタビラ（Acheilognathus tabira jordani）
- 体長：約１０ｃｍ
- 生息地：富山県、石川県、福井県、鳥取県、島根県
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
セボシタビラ（Acheilognathus tabira nakamurae）
- 体長：約１０ｃｍ
- 生息地：福岡県、佐賀県、熊本県、長崎県壱岐の島
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
ニッポンバラタナゴ（Rhodeus ocellatus）
- 体長：約５ｃｍ
- 英名：Japanese rosy bitterling
- 生息地：大阪府（淀川水系）、奈良県（大和川水系、ただしレッドリストでは野生絶滅）、兵庫県、岡山県、香川県、福岡県、佐賀県、熊本県、長崎県、大分県（DD 情報不足）
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
カゼトゲタナゴ（Rhodeus smithii smithii）
- 体長：約５ｃｍ
- 英名：Kyushu bitterling
- 生息地：福岡県、佐賀県、熊本県、長崎県（壱岐の島）
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
※スイゲンゼニタナゴについては固有種判別調査中。
アブラボテ（Tanakia limbata）
- 体長：約７ｃｍ
- 英名：Kyushu bitterling
- 生息地：濃尾平野より西側の本州、兵庫県淡路島、四国北部、九州北部
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
ミヤコタナゴ（Tanakia tanago）
- 体長：約７ｃｍ
- 英名：Kyushu bitterling
- 生息地：埼玉県、栃木県、千葉県
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
コイ科ウグイ亜科
※スイゲンゼニタナゴについては固有種判別調査中。
ウケクチウグイ（Tribolodon nakamurai）
- 体長：約６０ｃｍ
- 生息地：秋田県、山形県、新潟県、長野県
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
コイ科カマツカ亜科
タモロコ（Gnathopogon elongatus）
- 体長：約１０ｃｍ
- 生息地：愛知県から西側の本州、四国
- 環境省が定める保全状況：【-】
ホンモロコ（Gnathopogon caerulescens）
- 体長：約１２ｃｍ
- 生息地：滋賀県琵琶湖
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
スゴモロコ（Squalidus chankaensis biwae）
- 体長：約１０ｃｍ
- 生息地：滋賀県琵琶湖
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
デメモロコ（Squalidus japonicus japonicus）
- 体長：約１０ｃｍ
- 英名：Japanese gudgeon
- 生息地：濃尾平野、滋賀県琵琶湖
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ類）
イトモロコ（Squalidus gracilis gracilis）
- 体長：約８ｃｍ
- 生息地：濃尾平野から西側の本州、四国
- 環境省が定める保全状況：【-】
ニゴイ（Hemibarbus barbus）
- 体長：約５０ｃｍ
- 英名：Japanese barbel
- 生息地：中部地方から北側の本州、九州（北部）
- 環境省が定める保全状況：【-】
ウシモツゴ（Pseudorasbora pugnax）
- 体長：約５ｃｍ
- 生息地：愛知県、岐阜県、三重県
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
シナイモツゴ（Pseudorasbora pumila）
- 体長：約５ｃｍ
- 生息地：関東、新潟から北側
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
アブラヒガイ 別名セグロ、ヒコ、ヒシコ（Sarcocheilichthys biwaensis）
- 体長：約２０ｃｍ
- 英名：Biwa oily gudgeon
- 生息地：滋賀県琵琶湖
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
カワヒガイ 別名サクラバエ、ヤナギバエ（Sarcocheilichthys variegatus variegatus）
- 体長：約１３ｃｍ
- 生息地：濃尾平野、琵琶湖関連の河川、中国地方（山口県除く）、九州北西部、長崎県壱岐の島
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
ビワヒガイ（Sarcocheilichthys variegatus microoculus）
- 体長：約２０ｃｍ
- 生息地：琵琶湖、および瀬田川
- 環境省が定める保全状況：【-】
ゼゼラ（Biwia zezera）
- 体長：約５ｃｍ
- 英名：zezera
- 生息地：濃尾平野、琵琶湖、淀川水系、山陽地方、九州北部
- 環境省が定める保全状況：【-】
ヨドゼゼラ（Biwia yodoensis）
- 体長：約５ｃｍ
- 生息地：滋賀県、京都府、大阪府、奈良県
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
コイ科クセノキプリス亜科
ヌマムツ（Nipponocypris sieboldii）
- 体長：約２５ｃｍ
- 英名：Japanese chub
- 生息地：静岡県から滋賀県琵琶湖周辺、瀬戸内沿岸本州・四国、九州北西部
- 環境省が定める保全状況：【-】
カワバタモロコ（Hemigrammocypris rasborella）
- 体長：約５ｃｍ
- 英名：Golden venus chub
- 生息地：静岡県から岡山県までの瀬戸内沿岸本州・四国、九州北西部
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧Ⅰ B類）
ワタカ（Ischikauia steenackeri）
- 体長：約３０ｃｍ
- 英名：Golden venus chub
- 生息地：琵琶湖・淀川水系
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧Ⅰ A類）
ドジョウ科
シマドジョウ（Cobitis biwae）
- 体長：約８ｃｍ
- 生息地：日本全国（山口西部、四国南西部を除く）
- 環境省が定める保全状況：【-】
アジメドジョウ（Niwaella delicata）
- 体長：約１０ｃｍ
- 生息地：富山県、福井県、岐阜県、長野県、滋賀県、三重県、京都府、大阪府
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ類）
イシドジョウ（Cobitis takatsuensis）
- 体長：約６ｃｍ
- 英名：Secret loach
- 生息地：島根県、広島県、山口県、福岡県
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
ヒナイドジョウ（Cobitis shikokuensis）
- 体長：約５ｃｍ
- 生息地：四国
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
ホトケドジョウ（Lefua echigonia）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：秋田県、岩手県から広島県にかけて、四国
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
エゾホトケ（Lefua nikkonis）
- 体長：約７ｃｍ
- 生息地：北海道
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
ナガレホトケドジョウ
- 体長：約６ｃｍ
- 生息地：静岡県から兵庫県にかけて、岡山県、四国瀬戸内側、
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
トウカイナガレホトケドジョウ（Lefua tokaiensis）
- 体長：約６ｃｍ
- 生息地：静岡県から兵庫県にかけて、岡山県、四国瀬戸内側、
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
アユモドキ（Parabotia curtus）
- 体長：約１７ｃｍ
- 生息地：京都府桂川水系、岡山県旭川、吉井川水系
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
日本の固有種【魚類】カサゴ目
カジカ科
カジカ（Cottus pollux）
- 体長：約７ｃｍ
- 英名：Japanese fluvial sculpin、Bullhead
- 生息地：北海道南部より南側
- 環境省が定める保全状況：※NT（準絶滅危惧）
※降海と遡上する両側回遊型の一部である中卵型はEN（絶滅危惧 ⅠB類）
ウツセミカジカ（Cottus reinii）
- 体長：約７ｃｍ
- 生息地：北海道西部の日本海側、本州、四国、九州西部
- 環境省が定める保全状況：※EN（絶滅危惧 ⅠB類）
このうち、琵琶湖に生息する琵琶湖型については【-】
アユカケ 別名：カマキリ（Cottus kazika）
- 体長：約１０ｃｍ（最大約３０ｃｍ）
- 生息地：青森県津梅川より南側の日本海側、茨城県久慈川より南側の太平洋側本州、四国、九州
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ類）
日本の固有種【魚類】キュウリウオ目
アユ科
リュウキュウアユ（Plecoglossus altivelis ryukyuensis）
- 体長：約１２ｃｍ
- 英名：Ayu、Ayu fish
- 生息地：鹿児島県奄美大島
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
シシャモ 別名：ホンシシャモ（Spirinchus lanceolatus）
- 体長：約１０ｃｍ
- 英名：Shishamo smelt、Smelt
- 生息地：北海道内浦湾、厚岸湾近郊
- 環境省が定める保全状況：【-】（道南太平洋個体群はLP【絶滅の恐れのある地域個体群】）
日本の固有種【魚類】サケ目
サケ科
クニマス 別名：キノシリマス、キノスリマス、ウキキノウオ（Onchorhynchus nerka kawamurae）
- 体長：約３５ｃｍ
- 英名：Black kokanee、Local Salmon
- 生息地：山梨県西湖（固有生息地であった秋田県田沢湖では絶滅）
- 環境省が定める保全状況：EW（野生絶滅）
サツキマス（降海型・降湖型）、アマゴ（河川残留型）（Onchorhynchus masou ishikawae）
- 体長：約４０ｃｍ（アマゴ：約２５ｃｍ）
- 英名：Red spotted masu trout、Satsukimasu salmon
- 生息地：神奈川県西部より西の本州太平洋側、四国、九州の瀬戸内海側地域
- 環境省が定める保全状況：【-】
ビワマス（Onchorhynchus masou rhodurus）
- 体長：約５０ｃｍ
- 英名：Biwa trout、Biwa salmon
- 生息地：琵琶湖
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
ニッコウイワナ（Salvelinus leucomaenis pluvius）
- 体長：約５０ｃｍ
- 英名：Japanese char
- 生息地：東北から鳥取県までの山陰地方
- 環境省が定める保全状況：DD（情報不足）
ヤマトイワナ（Salvelinus leucomaenis japonicus）
- 体長：約２５ｃｍ
- 英名：Kirikuchi char
- 生息地：中部地方
- 環境省が定める保全状況：【-】
ゴギ（Salvelinus leucomaenis imbrius）
- 体長：約２５ｃｍ
- 英名：Kirikuchi char
- 生息地：山陰地方
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ類）
ミヤベイワナ（Salvelinus malma miyabei）
- 体長：約２５ｃｍ
- 英名：Kirikuchi char
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ類）
日本の固有種【魚類】ダツ目
メダカ科
キタノメダカ（Oryzias sakaizumii）
- 英名：Northern medaka
- 生息地：兵庫県から北部の本州日本海側から青森県の太平洋側にかけて
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ）
ミナミメダカ（Oryzias latipes）
- 英名：Japanese rice fish
- 生息地：本州太平洋側、中国、四国、九州地方、南西諸島
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ）
日本の固有種【魚類】ナマズ目
ナマズ科
タニガワナマズ（Silurus tomodai）
- 体長：約５０ｃｍ
- 英名：Lake Biwa catfish
- 生息地：愛知県、岐阜県、静岡県、長野県、三重県
- 環境省が定める保全状況：【-】
ビワコオオナマズ（Silurus biwaensis）
- 体長：約８０ｃｍ（最大約１．２ｍ）
- 英名：Lake Biwa catfish
- 生息地：滋賀県琵琶湖、淀川水系
- 環境省が定める保全状況：【-】
イワトコナマズ（ Silurus lithophilus）
- 体長：約５０ｃｍ
- 生息地：滋賀県瀬田川の一部、余呉湖
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
ギギ科
ギギ（ Pelteobagrus nudiceps）
- 体長：約３０ｃｍ
- 英名：Bald gigi
- 生息地：新潟県から九州東部まで
- 環境省が定める保全状況：【-】
ネコギギ（ Pelteobagrus nudiceps）
- 体長：約１２ｃｍ
- 英名：Stumpy bagrid catfish、Stumpy bullhead
- 生息地：愛知県、岐阜県、三重県
- 環境省が定める保全状況：EN（絶滅危惧 ⅠB類）
ギバチ（ Pseudobagrus tokiensis）
- 体長：約２５ｃｍ
- 英名：Cut-tailed bullhead、Cut-tailed bagrid catfish
- 生息地：富山県より北側の本州、神奈川県
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ類）
アリアケギバチ（ Pseudobagrus aurantiacus）
- 体長：約２５ｃｍ
- 生息地：九州西部、長崎県壱岐の島
- 環境省が定める保全状況：NT（準絶滅危惧）
アカザ科
アカザ 別名：アカネコ、アカナマズ（Liobagrus reini）
- 体長：約８ｃｍ
- 英名：Torrent catfish、Loach catfish、Reddish bullhead
- 生息地：秋田県、宮城県より南側本州、四国、九州
- 環境省が定める保全状況：VU（絶滅危惧 Ⅱ類）
日本の固有種【魚類】トゲウオ目
トゲウオ科
ハリヨ（Gasterosteus microcephalus）
- 体長：約５ｃｍ
- 生息地：岐阜県岐阜地区・西濃地区、滋賀県東部
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
ムサシトミヨ（不明）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：東京都の一部、埼玉県、千葉県、茨城県
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
ムサシトミヨ（不明）
- 体長：約４ｃｍ
- 生息地：東京都の一部、埼玉県、千葉県、茨城県
- 環境省が定める保全状況：CR（絶滅危惧 ⅠA類）
こちらは随時更新中です。新しい発表や新しい種の発見、または種の追加があり次第アップさせていただきます。